На протяжении многих лет он занимал ключевые должности в органах государственной безопасности и системе государственного управления. Стоял у истоков становления Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации (ФАПСИ), которое в 1999–2003 годах возглавлял в должности Генерального директора. В разные годы также занимал посты Первого заместителя Министра обороны Российской Федерации (2003—2004) и руководителя Федерального агентства по информационным технологиям (2004—2010). С августа 2012 года Владимир Георгиевич был главным редактором журнала «Вопросы защиты информации».
Вклад Владимира Георгиевича в развитие информационной безопасности, цифровых технологий и их внедрение в органах государственного управления Российской Федерации огромен. Под его научным руководством впервые был создан ряд крупномасштабных государственных интегрированных информационно-телекоммуникационных систем: защищенная система видеоконференцсвязи Президента Российской Федерации в федеральных округах, Ситуационный центр Президента Российской Федерации, информационно-телекоммуникационные системы в Аппарате Правительства РФ, Совете Федерации и Государственной думе Федерального собрания Российской Федерации, Конституционном, Высшем арбитражном судах России и других органах государственной власти и управления, в том числе региональные информационно-аналитические центры в субъектах России, ведомственные информационно-аналитические центры в министерствах и ведомствах.
С июня 2004 г. по февраль 2010 г. возглавлял Федеральное агентство по информационным технологиям (Росинформтехнологии, ФАИТ), внеся огромный вклад в развитие информационных технологий.
С 2010 года жизнь Владимира Георгиевича была тесно связана с железнодорожной отраслью и АО «НИИАС». В Институте он возглавил работы по созданию интеллектуальной системы управления на железнодорожном транспорте (ИСУЖТ) — одного из наиболее масштабных и перспективных проектов цифровой трансформации отрасли. Благодаря его стратегическому мышлению, глубокому пониманию возможностей современных информационных технологий и умению объединять вокруг себя сильнейших специалистов, НИИАС стал одним из ключевых центров развития интеллектуальных транспортных систем в России.
Владимиру Георгиевичу принадлежит идея создания уже хорошо известной Ассоциации защиты информации, и сделаны основополагающие шаги по ее становлению. Опираясь на возможности этой Ассоциации, Владимиру Георгиевичу удалось поставить на прочную основу работу по совершенствованию в стране такой важной технологии, как электронная цифровая подпись, и одного из институтов ее практического применения — института удостоверяющих центров.
Коллеги и ученики знали Владимира Георгиевича как человека исключительной эрудиции, масштабного государственного мышления и высокой личной культуры. Он обладал редким даром видеть перспективу, вдохновлять людей на решение сложнейших задач и поддерживать атмосферу настоящего научного поиска. При всей требовательности к себе и окружающим он оставался внимательным, отзывчивым и глубоко порядочным человеком.
За выдающиеся заслуги Владимир Георгиевич Матюхин был удостоен многочисленных государственных наград, в том числе ордена Александра Невского, премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники, премии Андрея Первозванного «За веру и верность», а также благодарностей Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации.
Светлая память о Владимире Георгиевиче Матюхине — выдающемся учёном, руководителе и человеке — навсегда сохранится в сердцах коллег, друзей, учеников и всех, кому довелось работать рядом с ним.
Редколлегия журнала выражает глубокие соболезнования
родным и близким Владимира Георгиевича.